Los elementos geomórficos o fisiográficos significativos que han tenido cabida en la zona a través de los grandes periodos de la historia de la tierra, se traducen en el Sistema de Grutas Cuetzalan.
Los rasgos topográficos están controlados por los factores estructurales estratigráficos y climáticos.
Dos unidades geográficas se definen, una con gran contenido de lutitas y otra constituida de calizas muy fracturadas que se expresan en el relieve de sus rasgos topográficos muy abruptos.
De ahí la existencia en Cuetzalan de un sin número de grutas subterráneas, ubicándola en el tercer lugar nacional con un sistema que alcanza los 21000 metros.
Sin embargo, el espesor de la caliza, la precipitación pluvial y el drenaje subterráneo de la zona, hacen presumir la existencia de decenas de cavernas que aun no han sido exploradas.
En suma, Cuetzalan es en sí misma un compendio de atributos naturales que le permiten constituirse en un sitio de belleza estética excepcional. Aquí a naturaleza tiene su jardín y su señorío; la naturaleza se adentra en las calles y las calles se adentran en la naturaleza.
La humedad de su clima hace posible una flora exuberante y, esta a su vez, posibilita una fauna abundante. Es un sitio lleno de magia y encanto, olor de verde que extasía y niebla que invade de nostalgia, sol que abrillanta sus matices y ríos y manantiales que tributan a su feracidad.